Начало храму было положено в феврале 1863 года, когда на окраине Самары заложили однопрестольную приходскую церковь. Единственным благотворителем, взявшим на себя все расходы по возведению церкви, стал купец Андрей Наумович Головачев. И уже 26 сентября 1865 года храм освятили во имя апостолов Петра и Павла.
В 1866 году при храме открыли церковно-приходскую школу на 60 мальчиков. В 1882-1884 годы храм перестроили на средства купца Василия Андреевича Головачева, сына и наследника первого строителя храма, а также других благотворителей. У храма появились боковые приделы.
В 1898-1899 годах Петропавловская церковь перестраивалась вновь. Архитектор А.А. Щербачев в два раза увеличил объем боковых приделов за счет пристроев. Тогда же знаменитый Палехский иконописец И.В. Белоусов выполнил работы по обновлению иконостасов и росписи стен.
К началу XX века после реконструкции Петропавловская церковь из однопрестольной превратилась в трехпрестольную, с главным алтарем – Петропавловским, правым – Александро-Невским и левым – в честь Казанской иконы
Божией Матери.
В 30-х гг. XX века вопрос о закрытии Петропавловской церкви ставился несколько раз: и в итоге храм закрыли в 1939 году. Но уже в конце Великой Отечественной войны храм вновь возвратили верующим. Его капитально отремонтировали, заново расписали внутри и оборудовали той утварью, что уцелела от других разрушенных храмов.
Архитектура:
После перестройки Петропавловской церкви архитектором А.А. Щербачевым она потеряла первоначальный облик, получив черты эклектики. Две шатровые главки венчают объем современной церкви и колокольни. Внешние фасады были оштукатурены и выбелены.
В храме находится много старинных икон. Три из них принадлежат кисти протоиерея Иоанна Фомичева – настоятеля Петропавловского храма 1950-х годов прошлого века.
