Улица стартует от стрелки реки Волги, и до 1860 г. она носила название «Большая». Затем, по аналогии с находящимися на ней монастырями - Спасо-Преображенским женским монастырём и Спасо-Преображенским мужским монастырём – была переименована в Преображенскую.
Современное название она получила уже в 30-е годы 20 века: своим названием улица обязана желанию советской власти увековечить труд водников-специалистов, активно работающих в речном судоходстве. Именно вдоль улицы Водников можно увидеть многочисленные исторические постройки старой Самары.
